Merhaba
Sözünü ettiğiniz kavramlar birbirinden farklıdır.Kök Ücret birim ve esas ücret anlamına gelmektedir.(aylık yada saat ücret gibi belirli zaman ölçüsüne bağlı olarak çalışılan ilerde kullanılır)
parçabaşı ücret adı üzerine yapılan parçabaşı işe göre ücretlendirme anlamındadır.
Prim ise yine farklı bir kavramdır ve alınan esas ücretin dışında teşvik yada ödüllendirme amaçlı yapılan ek bir ödemedir.(satış primi gibi) Sizin iş yerinizde bu konuda bir kavram karmaşası var sanırım.